“水环境区域补偿”就是当河流上游行政区域交换给下游行政区域的水体水质标准超过规定的允许标准时，上游行政区域必须按照其财政收入的一定比例补偿下游行政区域。
一般认为，实行“水环境区域补偿”有以下好处：一是有利于实现水资源流域统一管理，合理引导上下游合理适度用水，共同分担污水环境治理责任；二是可以从根本上消除地方保护主义的利益驱动，辖区河流污染的越严重，属地政府将支出更多的水环境治理资金；三是有利于提高水和环境行政主管部门的权威，水和环境行政主管部门拥有分配补偿资金的权力；四是有利于上下游矛盾的解决，逐步改变上游玩命污染、下游苦不堪言的恶性循环局面。
2014年10月31日，《北京市水环境区域补偿办法（试行）》对外正式公布，将于2015年1月1日开始实行，这是继今年4月江苏省之后，第二个省级政府颁布水环境区域补偿办法。两个办法相较以前的水环境治理模式，有两个突破：一是将责、权、利进行了重新划分，特别是将水环境治理的责任更加清晰的进行了区分，改变了以往由上级政府投资或下游所在地政府投资治理的不合理方式；二是考核和补偿方式更趋合理，通过设置较为精细化的考核指标和补偿标准，使办法具有较强的可操作性。
在办法的实施过程中，需要重视以下几个方面的问题：
（一）要避免羊毛出在猪身上。要尽量避免支付补偿金的属地政府将补偿责任转嫁到属地企业身上，特别是无污染、低排放的企业，要杜绝属地政府变相加重企业负担的现象。
（二）对于流域经济发展不平衡的地区，要转变上游污染可以用钱弥补下游的观念，杜绝理直气壮搞污染的心态，应倡导全流域减少污染、共同治理的理念。
（三）要强化刚性执行，特别是在起始阶段，应严格执行补偿标准。要通过执行补偿机制，对污染观念和行为起到震慑作用，督促属地政府加强对高污染企业的监管和处罚。
（四）国家层面需加快研究出台跨省市流域水污染补偿政策，为跨省域河流的区域补偿扫清障碍。
（五）对补偿资金的使用要严加监督，专款专用，切实应用到治污项目上，而不要成为滋生贪污腐败的新源头。
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